ฮนโด (Hondo) วิหารหลัก
วิหารหลักอันงดงามของวัดรินโนจิ (Rinnoji) มีชื่อเรียกอีกชื่อหนึ่งว่า วิหารพระพุทธเจ้าสามพระองค์ พระพุทธเจ้าทั้งสาม ได้แก่ พระอมิตาภะ (Amida Nyorai) พระโพธิสัตว์กวนอิมพันกร (Senju Kannon) และพระโพธิสัตว์กวนอิมเศียรม้า (Bato Kannon)
รูปปั้นทางด้านขวา คือ พระโพธิสัตว์กวนอิมพันกร เทพเจ้าแห่งความเมตตา ซึ่งทั้งหนึ่งพันกรในพระกรแต่ละข้างถืออุปกรณ์อันแสดงถึงความสามารถมากมายของท่านเพื่อช่วยเหล่ามวลมนุษย์ให้บรรลุธรรม ตรงกลาง คือ พระอมิตาภะ (Amida Nyorai) พระพุทธเจ้าแห่งแสงสว่างและชีวิตอันเป็นนิรันดร์ ทางซ้ายมือ คือ พระโพธิสัตว์กวนอิมเศียรม้า ซึ่งเป็นพระพุทธรูปที่มีเศียรเป็นม้า โดยม้าเป็นตัวแทนของอำนาจ และแม้ว่าพระพักตร์ของท่านจะแสดงอารมณ์โกรธ แต่พระโพธิสัตว์กวนอิมเศียรม้า ก็ถือว่าเป็นพระพุทธรูปที่เปี่ยมไปด้วยเมตตา ภายในวัดรินโนจิ พระพุทธรูปทั้งสามองค์นี้ประดิษฐานอยู่ในกลุ่มเดียวกัน โดยพระพุทธรูปแต่ละองค์จะมีความหมายที่แตกต่างกันออกไป พระพุทธรูปทั้งสามถูกระบุว่าเป็นภูเขาทั้งสามแห่งของนิกโก คือ พระโพธิสัตว์กวนอิมพันกรเป็นตัวแทนภูเขา นันไต (Nantai) พระพุทธเจ้าอมิตาภะเป็นตัวแทนภูเขาเนียโฮ (Nyoho) และพระโพธิสัตว์กวนอิมเศียรม้าเป็นตัวแทนของภูเขาทาโร (Taro)
วิหารแห่งนี้สร้างขึ้นครั้งแรกในปี ค.ศ. 848 โดยพระเอ็นนิน (ราว ค.ศ. 794-864) ซึ่งเป็นปรมาจารย์แห่งพระพุทธศาสนานิกายเท็นได ซึ่งเผยแผ่จากประเทศจีนเข้ามาในญี่ปุ่นในปี ค.ศ. 806 พระพุทธศาสนานิกายเท็นไดนั้นเป็นนิกายพระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นที่มีขนาดใหญ่และมีความหลากหลายมาก อีกทั้งยังเป็นพระพุทธศาสนาที่มีอิทธิผลมากที่สุดอีกด้วย พระพุทธศาสนานิกายเทนไดได้รวมเอาคำสอนของสำนักอื่น ๆ ของพระพุทธศาสนาเข้าไว้ด้วยกันและยังรวมเอาคำสอนทางพระพุทธศาสนาเข้ากับชินโตอีกด้วย วิหารหลักแห่งแรกเป็นที่ตั้งของศาลเจ้าโทโชกุ (Toshogu)ในปัจจุบัน โดยได้ถูกย้ายและสร้างขึ้นใหม่หลายครั้ง ซึ่งโครงสร้างในปัจจุบันเป็นการก่อสร้างมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1645
เมื่อเอโดะ (โตเกียว) กลายเป็นศูนย์กลางทางการเมืองของญี่ปุ่นภายใต้การปกครองของโชกุนโทกูงาวะในปี ค.ศ. 1603 ตระกูลโทกูงาวะได้พยายามสร้างเมืองหลวงแห่งใหม่เพื่อให้ทัดเทียมกับความยิ่งใหญ่ของเกียวโตอันเป็นฐานที่ตั้งทางการเมืองและวัฒนธรรมญี่ปุ่นมาเกือบพันปี ด้วยเหตุนี้ โชกุนโทกูงาวะคนที่สาม นามว่าอิเอมิตสึ จึงบัญชาให้สร้างวิหารหลักที่ยิ่งใหญ่และงดงามที่สุดในประเทศไว้ที่วัดรินโนจิ เนื่องจากขาดแคลนทรัพยากรจึงทำให้วิหารหลักไม่บรรลุไปตามเป้าหมายดังกล่าว แม้ว่าจะเป็นสิ่งก่อสร้างที่ใหญ่ที่สุดนับในเขตพื้นที่ตั้งแต่เกียวโตไปจนถึงฮอกไกโดก็ตาม